Hola Marco, puedes usar el campo Aduana Prevista para afectar individualmente a las partidas, de esta manera solo a esos articulos les impactaras el importe que le corresponda, sin afectar a los otros.
Y para tus demas indirectos que deben afectar a todos tus articulos, la pestaña de costos :
Cualquier cosa comentas.
Saludos.
Alessandro.